私は５回台湾に行っていますが、仕事で行ったのは１回だけ。
毎回違う場所を取り入れながら数年かけて一周する予定でいます。
ツアーは全く使わず、移動は公共機関以外にレンタルバイク、レンタル自転車もあります。
まず、台湾に上陸する方法としてほぼ100％の人が飛行機だと思います。
私は横浜市住民なので関東からの移動を考えている方にしか参考になりません。

便について自分なりに考えてみますと、台北到着を目指すなら成田から、羽田便が存在します。
最初は成田からLCCで行きましたがサラリーマンの私は長期休日もどの空港も激混みです。
成田便で予約しても、時間が非常に合わないものが多く、安くても面倒な便が多いのです。
早期予約だと羽田発5万-7万でエコノミーで台北松山空港へJALでもANAでも飛べます。
フライト時間も非常に行きやすいです。
空港から地下鉄で移動になるので桃園のバスよりも断然安く時間も短いです。
昼出発の夕方着→ホテル直行が時間にも優しい。
最新の台北はANAで行きました。金額は5万8千円で往復です。
行き、12：45羽田発、帰り松山発16：45頃だった記憶です。
料金面でLCCだとうまくいけば３万円、平均４万ちょいです。
ただし、フライト時間と成田発と微妙です・・・
その金額差を移動時間と手間、滞在時間で高いと取るか、安いと取るかがカギです。
過去のLCCでは夕方成田発、帰路は早朝便です。
私は横浜市なので京急一本で50分もあれば空港へ、成田だと2時間以上かかります。
貧乏旅なので成田エクスプレスは使いませんので決して快適ではありません。
差額を考えても楽な方を選びます、滞在時間も考慮します。
差額の２万円をどう考えるかですけどね・・・
まぁ、台湾で２万円あれば２日間相当遊べますけど、飛行機で映画を１本見て、足元が少し広いし・・・そう考えてみれば差額はそんなに気にならないかも？
片道の電車でも時間は+1.5時間な訳です。

東京北部住みならどちらも行けるでしょうが・・・
そのあたりは皆さんが自分でプランを立てて考えてみるべきなんですよ。
私はLCCでも、国内大手でも行きますから！
クレジットカードを飛行機会社のものにしてなんでもカードで支払いしているので差額は買い物のマイルで埋めてます。
翌月の一括払いなら金利がかからないので現金と同じ、コンビニもカードで支払いです。
そりゃ、１年もあれば結構なマイルが溜まりますわな。

ちなみに、私は行く日だけ設定し航空券を予約、プランは適当です。
泊まるところも、行き先もずっと後に決めます。